Thông tin Đề tài

Tên đề tài Nghiên cứu đột biến gen ở các bệnh nhân người Việt Nam mắc một số bệnh hiếm gặp bằng công nghệ giải trình tự gen toàn bộ vùng mã hóa
Mã số đề tài KHCBSS.01/22-24
Cơ quan chủ trì (Cơ quan thực hiện) Viện Sinh học
Thuộc Danh mục đề tài Khoa học cơ bản
Họ và tên GS.TS. Nguyễn Huy Hoàng
Thời gian thực hiện 01/01/2022 - 31/12/2024
Tổng kinh phí 1.500.000.000 đồng
Xếp loại Xuất sắc
Mục tiêu đề tài

Xác định các đột biến trên các gen có liên quan đến loạn sản xương, rối loạn phát triển giới tính, suy tuyến yên, não bé đi kèm bất thường cơ thể và loạn dưỡng não chất trắng trên bệnh nhân người Việt Nam bằng giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa.

 

Kết quả chính của đề tài

- Về khoa học: Đã thu thập được và tách chiết được DNA của 17 mẫu bệnh nhân mắc một trong năm bệnh hiếm và 44 mẫu thành viên gia đình tham gia nghiên cứu. Đã tạo thành công thư viện DNA và giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa của 17 mẫu bệnh nhân mắc bệnh hiếm gặp. Đã sàng lọc và phân tích tìm ra các biến thể trên các gen liên quan đến các bệnh hiếm từ 17 bệnh nhân cụ thể như sau: 324 biến thể trên các gen liên quan đến 5 nhóm bệnh hiếm gặp. Trong đó đã phát hiện 19 biến thể trên 17 gen liên quan đến các bệnh hiếm nghiên cứu có tính chất di truyền phả hệ trong từng gia đình bệnh nhân bằng giải trình tự Sanger cụ thể như sau:
•    Bệnh loạn sản xương: phát hiện 5 biến thể gây bệnh trên 5 gen trong 5 gia đình bệnh nhân lần lượt như sau: gen BAAT (c.388dupA, p.Arg130Lysfs*12); gen FGFR3 (c.1626C>G, p.Asn542Lys); gen RUNX2 (c.673C>T, p.Arg225Trp); gen PHEX (c.1399G>T, p.Glu467*); gen FGFR2 (c.755C>G, p.Ser252Trp).
•    Bệnh rối loạn phát triển giới tính: phát hiện 3 biến thể gây bệnh trong 3 gen trong 01 gia đình bệnh nhân lần lượt như sau: gen AKR1C3 (c.15C>G, p.His5Gln); gen DOCK8 (c.2953T>C, p.Phe985Leu); gen POR (c.1508C>T, p.Ala503Val).
•    Bệnh suy tuyến yên: phát hiện 2 biến thể gây bệnh trên 2 gen trong 3 gia đình bệnh nhân lần lượt như sau: gen POU1F1 (c.811C>T, p.Arg271Trp); gen CDH7 (c.5428C>T, p.Arg1810*).
•    Bệnh não bé đi kèm bất thường cơ thể: phát hiện 3 biến thể gây bệnh trên 2 gen trong 2 gia đình bệnh nhân lần lượt như sau: gen AARS2 (c.452T>C, p.Met151Thr và c.872C>T, p.Pro291Leu); gen HPDL (c.769C>A, p.Gln257Lys).
•    Bệnh loạn dưỡng não chất trắng: phát hiện được 5 biến thể gây bệnh trên 2 gen trong 3 gia đình bệnh nhân lần lượt như sau: gen LAMA2 (c.4717+5G>A; c.7156-5_7157delinsT, p.Arg2386* và c.198C>A, p.Tyr66*); gen PANK2 (c.1351C>T, p. Arg451Ter và c.856C>T, p.Arg286Cys).
- Về ứng dụng: Các kết quả giải trình tự và biến thể gây bệnh tìm được giúp cho các bác sĩ có phương án quản lý, điều trị, tư vấn và chăm sóc bệnh nhân. Đặc biệt còn trợ giúp các bác sĩ có những tư vẫn hữu ích cho các gia đình có con bị bệnh hiếm do di truyền mà muốn sinh thêm con. Ngoài ra, các kết quả này còn đóng góp vào cơ sở dữ liệu về kiểu hình và kiểu gen của các bệnh/hội chứng hiếm gặp ở Việt Nam.

 

Những đóng góp mới

•    Đã xác định được một đột biến lệch khung mới (frameshift) dạng đồng hợp tử (c.388dupA, p.R130Kfs*12) trong gen BAAT ở một bé gái được chẩn đoán mắc loạn sản xương.
•    Đã xác định được một đột biến mới (c.769C>A, p.Gln257Lys) dạng đồng hợp tử trong gen HPDL ở bệnh nhân đầu tiên người Việt Nam mắc bệnh não bé đi kèm bất thường cơ thể.
•    Đã xác định được đột biến mới (c.856C>T, p.Arg286Cys và c.1351C>T, p.Arg451Ter) dạng dị hợp tử kép trong gen PANK2 ở bệnh nhân đầu tiên người Việt Nam mắc PKAN. Trường hợp của bệnh nhân này đánh dấu một cột mốc quan trọng khi là ca bệnh đầu tiên được ghi nhận tại Việt Nam.
•    Đã xác định được một đột biến phức hợp mới c.7156-5_7157delinsT, p.Arg2386* trên gen LAMA2 ở bệnh nhân loạn dưỡng não chất trắng.

*** Sản phẩm cụ thể giao nộp:
*    Sản phẩm khoa học công nghệ: báo cáo về 05 bộ dữ liệu các vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 05 bệnh hiếm gặp như sau: 
+ 01 bộ dữ liệu vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 05 bệnh nhân mắc bệnh loạn sản xương.
+ 01 bộ dữ liệu vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 03 bệnh nhân mắc bệnh rối loạn phát triển giới tính.
+ 01 bộ dữ liệu vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 03 bệnh nhân mắc bệnh suy tuyến yên.
+ 01 bộ dữ liệu vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 03 bệnh nhân mắc bệnh não bé đi kèm bất thường cơ thể.
+ 01 bộ dữ liệu vùng gen mã hóa và các biến thể gây bệnh của 03 bệnh nhân mắc bệnh loạn dưỡng não chất trắng.
*    Công bố khoa học: Đã công bố được 04 công trình khoa học trên các tạp chí quốc tế là: 02 bài trên tạp chí Medicine; 01 bài trên tạp chí International Journal of Molecular Sciences và 01 bài trên tạp chí Frontiers in Genetic. Đã công bố được 02 bài trên tạp chí quốc gia chuyên ngành là: 01 bài trên Tạp chí Công nghệ sinh học và 01 bài ở Hội nghị.
-    04 bài báo công bố trên tạp chí quốc tế uy tín thuộc danh mục SCIE:
+ Van Khanh Tran, Chi Dung Vu, Hai Anh Tran, Nguyen Thi Kim Lien, Nguyen Van Tung, Nguyen Ngoc Lan, Huy Thinh Tran, Nguyen Huy Hoang. The first Vietnamese patient who presented late onset of pantothenate kinase-associated neurodegeneration diagnosed by whole exome sequencing: A case report. Medicine, 2023. 102(43): e34853
+ Duc Quan Nguyen, Thi Bich Ngoc Can, Chi Dung Vu, Thi Anh Thuong Tran, Ngoc Lan Nguyen, , Thi Kim Lien Nguyen, Van Tung Nguyen, Thanh Hien Nguyen, Thi Huong Giang Tran, Huy Hoang Nguyen. Identifcation of a novel BAAT frameshift mutation in a female child diagnosed with skeletal dysplasia: A case report. Medicine, 2024. 103 (36): e39509
+ Van Khanh Tran, Ngoc-Lan Nguyen, Lan Ngoc Thi Tran, Phuong Thi Le, Anh Hai Tran, Tuan L. A. Pham, Nguyen Thi Kim Lien, Nguyen Thi Xuan, Le Tat Thanh, Thanh Van Ta, Thinh Huy Tran and Huy-Hoang Nguyen. Merosin-deficient congenital muscular dystrophy type 1a: detection of LAMA2 variants in Vietnamese patients. Frontiers in Genetic, 2023. 1183663
+ Ha Thu Nguyen, Khanh Ngoc Nguyen, Tran Minh Dien, Thi Bich Ngoc Can, Thi Thanh Ngan Nguyen, Nguyen Thi Kim Lien , Nguyen Van Tung, Nguyen Thi Xuan , Nguyen Thien Tao, Ngoc Lan Nguyen, Van Khanh Tran, Tran Thi Chi Mai, Van Anh Tran, Huy Hoang Nguyen and Chi Dung Vu. Identification of POU1F1 variants in Vietnamses patients with combined pituitary hormone deficiency. International Journal of Molecular Sciences, 2025. 26(6).2406
-    01 bài báo công bố trên tạp chí quốc gia uy tín
+ Duc Tien Nguyen, Thi Thanh Ngan Nguyen, Ngoc Lan Nguyen, Thi Anh Thuong Tran, Thi Bich Ngoc Can, Chi Dung Vu, Van Tung Nguyen, Thi Kim Lien Nguyen, Thanh Hien Nguyen, Duc Quan Nguyen, Thi Huong Giang Tran, Ke Long Phan and Huy Hoang Nguyen. Whole exome sequencing identified a pathogenic variant c.1620C>G in the FGFR3 gene in a Vietnamese patient. Vietnam Journal of Biotechnology, 2025. 23(1). 13-23
-    01 bài báo công bố trên Hội nghị 
+ Nguyễn Hoàng Thanh Trang, Nguyễn Ngọc Lan, Cấn Thị Bích Ngọc, Trần Thị Anh Thương, Vũ Chí Dũng, Nguyễn Thị Kim Liên, Nguyễn Văn Tụng, Lê Quang Tuấn, Nguyễn Đức Quân, Nguyễn Thanh Hiền, Trần Thị Hương Giang, Nguyễn Thị Thanh Ngân, Nguyễn Huy Hoàng. Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa trên bệnh nhân mắc loạn sản xương. Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc. 2023
*    Kết quả đào tạo: Hỗ trợ đào tạo 02 nghiên cứu sinh có quyết định công nhận đề tài và người hướng dẫn: số 756/QĐ-HVKHCN ngày 28/06/2024 của Giám đốc Học viện KHCN và số 6758/QĐ-ĐHYHN ngày 29/12/2022 của Hiệu trưởng Trường Đại học Y Hà Nội.

Ảnh nổi bật đề tài
1770785305726-04.26 Huy Hoàng.png