Thông tin Đề tài
| Tên đề tài | Phát triển kỹ thuật DNA barcoding, multiplex PCR, Real-time PCR trong giám định tuyến trùng ký sinh nguy hại trên cây cà phê, hồ tiêu và cây có múi ở Việt Nam |
| Mã số đề tài | VAST04.08/22-23 |
| Cơ quan chủ trì (Cơ quan thực hiện) | Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật |
| Thuộc Danh mục đề tài | Hướng Đa dạng sinh học và các hợp chất có hoạt tính sinh học (VAST04) |
| Họ và tên | TS. Lê Thị Mai Linh |
| Thời gian thực hiện | 01/01/2022 - 31/12/2023 |
| Tổng kinh phí | 600 triệu đồng |
| Xếp loại | Đạt loại A |
| Mục tiêu đề tài | - Xác định độ đa dạng, quan hệ phát sinh và dự đoán tiến hóa của TTKSTV tại Việt Nam với các cấp độ taxon khác nhau (higher-taxa, cross-taxa hay subset taxa);
- Phát triển và tối ưu phương pháp DNA barcoding (mã vạch DNA) và Multiplex PCR (PCR kết hợp) giúp giám định nhanh TTKSTV;
- Thiết kế quy trình sử dụng phương pháp Realtime-PCR trong phân loại nhanh nhóm tuyến trùng nguy hại ở Việt Nam |
| Kết quả chính của đề tài | • Về khoa học:
- Bổ sung và phân tích dữ liệu hình thái nhóm tuyến trùng ký sinh thực vật nguy hại gồm tuyến trùng sần rễ, tuyến trùng nội ký sinh di chuyển (Pratylenchus coffeae), tuyến trùng mang truyền virus (Xiphinema bevicolle) và một số giống ngoại ký sinh rễ.
- Thiết kế thành công cặp mồi 18S rDNA phục vụ cho giám định các loài tuyến trùng nguy hại thuộc nhóm mang truyền virus. Trọng phân tích quan hệ phát sinh và giám định nghiên cứu này đã cho thấy: đối với tuyến trùng sần rễ ngoài nhóm tuyến trùng nhiệt đới MIG có thể sử dụng gen nhân (ITS, 28S) và gen ty thể (COI), nhóm MIG cần thiết phải sử dụng gen NAD5; đối với nhóm loài tuyến trùng nội ký sinh di chuyển có thể sử dụng gen D2D3 28S rDNA và tuyến trùng mang truyền virus X. bevicolle có thể sử dụng gen 18S rDNA.
- Hoàn thiện và tối ưu hóa sử dụng cặp mồi Multiplex PCR phục vụ cho giám định nhanh nhóm loài tuyến trùng sần rễ ở Việt Nam. Thiết kế và lên quy trình thành công phản ứng Real-time PCR đối với loài Meloidogyne incognita ở Việt Nam.
- Đã hoàn thành bộ tiêu bản (300 chiếc) các loài các loài tuyến trùng ký sinh thực vật quan trọng thu được tại các điểm điều tra với các thông tin chi tiết và đầy đủ của 07 loài thuộc 05 giống tuyến trùng ký sinh thực vật quan trọng
- Đã công bố 40 trình tự DNA (vùng gen 18S, 28S và COI) của một số loài trên Genbank.
• Về ứng dụng:
- Ứng dụng phương pháp Multiplex PCR trong phân loại nhanh nhóm 3 loài Meloidogyne incognita, Meloidogyne arenaria; Meloidogyne javanica có thể áp dụng trong kiểm dịch và bảo vệ thực vật.
- Thiết kế được quy trình phân loại nhanh nhóm loài Meoiodgyne incognita bằng phương pháp Realtime-PCR |
| Những đóng góp mới | Ghi nhận 01 giống mới Hemicaloosia (loài Hemicaloosia guangzhouensis) cho Việt Nam; ghi nhận mới loài Meloidogyne enterolobii ký sinh trên cam và bưởi; bổ sung và phân tích dữ liệu hình thái nhóm tuyến trùng ký sinh thực vật nguy hại gồm tuyến trùng sần rễ, tuyến trùng nội ký sinh di chuyển (Pratylenchus coffeae), tuyến trùng mang truyền virus (Xiphinema bevicole) và một số giống ngoại ký sinh rễ, 40 trình tự DNA (vùng gen 18S, 28S và COI) của một số loài trên Genbank. |
| Địa chỉ ứng dụng | Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Công nghệ sinh học. |
| Kiến nghị | Tiếp tục được nghiên cứu thêm về phương pháp phương pháp Realtime-PCR trong phân loại nhanh các nhóm tuyến trùng nguy hại ở Việt Nam. |
| Ảnh nổi bật đề tài |
|