Thông tin Đề tài

Tên đề tài Nghiên cứu giải trình tự Gen các mẫu xương khảo cổ tại Việt Nam nhằm cung cấp thông tin di truyền cho nghiên cứu đa dạng sinh học người và khảo cổ học
Mã số đề tài ĐL0000.08/20-23
Cơ quan chủ trì (Cơ quan thực hiện) Viện Sinh học
Thuộc Danh mục đề tài Đề tài độc lập cấp Viện Hàn lâm KHCNVN
Họ và tên TS. Hoàng Hà
Thời gian thực hiện 29/12/2022 - 26/12/2023
Tổng kinh phí 1.500 triệu đồng
Xếp loại Đạt loại B
Mục tiêu đề tài Tách chiết được ADN và giải trình tự gen các mẫu xương khảo cổ tại Việt Nam.
Kết quả chính của đề tài

Về khoa học: 
- Đã thu thập được bộ mẫu xương người khảo cổ có niên đại 1000 – 2000 năm tuổi, gồm 10 mẫu xương nguyên vẹn. Niên đại của các mẫu đã được nhóm khai quật thực hiện đo bằng đồng vị phóng xạ cacbon 14 và công bố trên tạp chí chuyên ngành. 
- Đề tài thực hiện thu thập các nhóm dân tộc đại diện cho năm nhóm ngôn ngữ chính sinh sống tại Việt Nam, dựa trên phân bố và số dân của từng dân tộc. Nhóm nghiên cứu đã thu thập, lập hồ sơ STR, xây dựng cơ sở dữ liệu tần số allele dành cho dân tộc Ê Đê, Mông và Tu Dí, và thành công công bố các kết quả trên các tạp chí quốc tế chuyên ngành. Các kết quả kể trên cung cấp cơ sở dữ liệu tham chiếu có các mục đích pháp ý khác, cũng như nghiên cứu mối quan hệ di truyền giữa nhóm dân tộc này với các quần thể khác trong cùng khu vực.
- Đã thử nghiệm ba quy trình tách chiết khác nhau nhằm đánh giá và tối ưu quy trình tách chiết hiệu quả với các mẫu xương khảo cổ tại Việt Nam. Trong đó, quy trình tách chiết theo phương pháp Dabney đã chứng minh hiệu quả khả quan với các mẫu xương phân hủy nặng và lâu năm. Nghiên cứu đã thành công tách chiết DNA từ các mẫu xương khảo cổ thu thập được, khẳng định sự có mặt DNA bằng giải trình tự Sanger nhân vùng gen ty thể. Trình tự thu được có tín hiệu tốt, phân tích trình tự không trùng khớp với hồ sơ của người thực hiện.
- Đã giải trình tự thành công hệ gen ty thể của hai mẫu xương Động Xá K1B10 và K1B08 có niên đại khoảng 2000 năm tuổi. Trình tự ty thể thu được có kích thước tương đương với trình tự rCRS tham chiếu là 16,5 kb. Phân tích trình tự xác định được nhóm đơn bội haplogroup của hai mẫu kể trên và mối quan hệ di truyền gần gũi của hai mẫu này với các trình tự ty thể của quần thể người đang sinh sống tại Đông Nam Á và quần thể người khảo cổ khác. Đây là kết quả nghiên cứu về đặc điểm di truyền đầu tiên về nhóm mẫu xương khảo cổ tại di chỉ Động Xá, Hưng Yên.
- Ngoài các kết quả giải trình tự hệ gen ty thể của mẫu Động Xá, nhóm nghiên cứu đã mở rộng và thử nghiệm cách tiếp cận tương tự trên nhóm mẫu thuộc thời kỳ Đa Bút với niên đại gần sáu nghìn năm tuổi. Nghiên cứu của chúng tôi đã thu được các kết quả rất đáng chú ý, đặc biệt với sự phát hiện sự hiện diện của nhóm đơn bội hiếm từng tồn tại nhưng lại không quan sát được trong các quần thể người hiện đại sinh sống ngày nay tại Việt Nam.
Về ứng dụng:
Đề tài đã đánh giá và xây dựng được quy trình tách chiết DNA từ các mẫu xương khảo cổ lâu năm, bị phân hủy nặng. Quy trình cho phép thu hồi được các đoạn DNA bị đứt gãy, có kích thước nhỏ dưới 100 bp và với nồng độ thấp. DNA thu được có thể sử dụng cho quá trình giải trình tự thông lượng cao và các nghiên cứu mở rộng khác. Nghiên cứu này đã đặt cơ sở cơ bản cho các nghiên cứu di truyền khảo cổ về sau tại Việt Nam. 

 

Những đóng góp mới

-     Đây là nghiên cứu đầu tiên thực hiện đánh giá khả năng thu hồi DNA từ các mẫu xương người khảo cổ, phục vụ cho nghiên cứu di truyền quần thể người tại Việt Nam. Mặc dù Việt Nam có nền lịch sử lâu đời, phức tạp và còn nhiều vấn đề còn chưa được giải đáp, các nghiên cứu di truyền trên mẫu xương khảo cổ vẫn còn hạn chế, gặp nhiều khó khăn do điều kiện mẫu kém chất lượng, bị phân hủy nặng nề bởi điều kiện môi trường không thuận lợi. Việc xây dựng, ứng dụng các tiến bộ khoa học mới và đánh giá trên các mẫu Việt Nam là hết sức cần thiết nhằm cung cấp những bằng chứng di truyền chính xác cho nghiên cứu lịch sử các quần thể người sinh sống tại Việt Nam. Do đó, từ những thành công ban đầu của đề tài thì cần tiếp tục mở rộng triển khai các nghiên cứu chuyên sâu hơn về sau.
-     Đề tài giải trình tự thành công hai mẫu xương tại di chỉ khảo cổ Động Xá. Đây là di chỉ khảo cổ lớn, đã được khai quật và nghiên cứu bởi nhóm các nhà khoa học trong và ngoài nước cho thấy đặc điểm văn hóa đặc trưng của di chỉ này cũng như là ý nghĩa đối với lịch sử. Tuy nhiên, lần đầu tiên những mẫu xương người ở đây được tiến hành tách chiết DNA và giải trình tự nhằm khai khác mối quan hệ di truyền đối với các quần thể khác. Kết quả thu được của đề tài cung cấp thêm bằng chứng khoa học quan trọng cho các nghiên cứu khảo cổ trước đó tại địa điểm này.

*** Sản phẩm cụ thể giao nộp:
- Các bài báo đã công bố:
5 bài báo quốc tế (SCIE):
Tran, H. L., Mai, H. P., Le Thi, D., Thi, N. D., Le Tung, L., Thanh, T. P., Manh, H. T., Mau, H. N., Chu, H. H., & Hoang, H. (2023). The first maternal genetic study of hunter-gatherers from Vietnam. Molecular genetics and genomics : MGG, 298(5), 1225–1235. https://doi.org/10.1007/s00438-023-02050-0 (SCIE, IF3.2, Q3)
Dung Pham, P., Luc Hoang, T., Tra Le, K., Thi Le, P., Ngoc Nguyen, N., Linh Tran, H., Hung Nguyen, M., Minh Tran, D., & Hoang, H. (2022). The first data of allele frequencies for 23 autosomal STRs in the Ede ethnic group in Vietnam. Legal medicine (Tokyo, Japan), 57, 102072. https://doi.org/10.1016/j.legalmed.2022.102072 (Q2, SCIE, IF 2.0)
Tran, L. H., Chu, P. T. M., Nguyen, T. H., La, H. V., Nguyen, H. T. H., Tran, H. T., Nguyen, H. M., Hoang, H., & Chu, H. H. (2022). Genetic structure and population connection of two Bouyei populations in northern Vietnam based on short tandem repeat analysis. American journal of human biology: the official journal of the Human Biology Council, 34(5), e23702. https://doi.org/10.1002/ajhb.23702 (Q1, SCIE, IF 2.9)
Ta, M. T. A., Nguyen, N. N., Tran, D. M., Nguyen, T. H., Vu, T. A., Le, D. T., Le, P. T., Do, T. T. H., Hoang, H., & Chu, H. H. (2021). Massively parallel sequencing of human skeletal remains in Vietnam using the precision ID mtDNA control region panel on the Ion S5™ system. International journal of legal medicine, 135(6), 2285–2294. https://doi.org/10.1007/s00414-021-02649-1 (Q1, SCIE, IF 2.68) 
Tran, H. L., Ta, T. A. M., Nguyen, N. N., Pham, T. T., Hoang, H., & Ha Chu, H. (2021). Population genetic data of 22 autosomal STR loci for the Mong people in Vietnam. Legal medicine (Tokyo, Japan), 48, 101825. https://doi.org/10.1016/j.legalmed.2020.101825 (Q2, SCIE, IF 2.0)

 - Các sản phẩm cụ thể (mô tả sản phẩm, nơi lưu giữ):

Hỗ trợ đào tạo: 01 Tiến sĩ;
Hỗ trợ đào tạo: 01 Thạc sĩ. 

 

Ảnh nổi bật đề tài
1764903815199-hoangha2.png