Thông tin Đề tài

Tên đề tài Nghiên cứu đa dạng di truyền và lịch sử phát triển quần thể dựa trên đặc điểm hệ gen phiên mã của một số loài Dầu đang bị đe doạ trong rừng nhiệt đới Đông Nam Bộ bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới (NGS)
Mã số đề tài THTETN03/21-23
Cơ quan chủ trì (Cơ quan thực hiện) Viện Nghiên cứu hệ gen
Thuộc Danh mục đề tài Khoa học sự sống
Họ và tên TS. Nguyễn Minh Đức
Thời gian thực hiện 01/06/2021 - 30/06/2023
Tổng kinh phí 500 triệu đồng
Xếp loại Đạt loại A
Mục tiêu đề tài

Điều tra đánh giá được hiện trạng nơi sống và kích thước quần thể của 2 loài cây Dầu bóng (Dipterocarpus turbinatus) và Dầu cát (Dipterocarpus condorensis).
    Xác định trình tự hệ gen phiên mã của loài Dầu bóng bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên hệ máy Illumina Next-Seq và thiết kế các cặp mồi EST-SSrs cho các loài thuộc chi Dầu phân bố tại Việt Nam.
    Đánh giá đa dạng di truyền, cấu trúc di truyền quần thể và lịch sử phát triển các quần thể của 2 loài Dầu nghiên cứu tại các địa điểm khảo sát dựa trên trình tự hệ gen phiên mã loài Dầu bóng và các cặp mồi ETS-SSRs được thiết kế.

Kết quả chính của đề tài

-    Về khoa học: Đề tài đã thu được các kết quả như sau:
    Đã xác định được điều kiện tự nhiên tại nơi phân bố và các đặc điểm hình thái, số lượng các cá thể của từng quần thế của 2 loài Dầu lá bóng và Dầu cát ở các khu vực khảo sát.
    Đã phân tích và xây dựng được dữ liệu thư viện cho trình tự gen phiên mã đối với loài Dầu lá bóng bằng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (NGS).
    Đã phát hiện được 30 cặp mổi sinh học phân tử EST-SSRs tiềm năng và thử nghiệm nhân bản thành công các cặp mồi EST-SSRs phù hợp trong phân tích đa dạng di tuyền cho một số loài Dầu của Việt Nam.
    Đã xác định được mức độ đa dạng di truyền và cấu trúc di truyền của cả 2 loài Dầu trong nghiên cứu với mức độ di truyền khác nhau thấp xuất hiện cho các cặp quần thể phân bố trong cùng khu vực và cao ở các cặp quần thể không cùng vùng phân bố. Mỗi loài đều hình thành 3 nhóm gen khác nhau và mỗi nhóm thường xuất hiện ở một khu vực nghiên cứu.
-    Về ứng dụng: Đề tài góp phần thúc đẩy áp dụng công nghệ giải trình tự hệ gen trong công tác bảo tồn nguồn gen của các loài đang bị đe doạ, nâng cao sự hiểu biết về đa dạng di truyền trong và giữa các quần thể và hiểu rõ cấu trúc di truyền, lịch sử phát triển và khả năng tiến hóa phân tử của các quần thể có liên quan đến hoạt động của con người.

 

Những đóng góp mới

Hệ gen và bộ mồi EST-SSRs trong nghiên cứu đa dạng di truyền một số loài cây họ Dầu tại Việt Nam.

***  Sản phẩm cụ thể giao nộp:
    - Các bài báo đã công bố (liệt kê)
    02 bài báo trên tạp chí quốc tế uy tín Q1
    Minh Nguyen, Duc, Hong Lan Phan Nguyen, and Tam Minh Nguyen. "Genetic structure of the endemic Dipterocarpus condorensis revealed by microsatellite markers." Aob Plants 14, no. 2 (2022): plac007. (Q1; IF = 3.1)
    Duc, Nguyen Minh, Nguyen Huy Hoang, Tran Thi Huong Giang, Nguyen Thi Thuy Huong, Vu Dinh Duy, Nguyen Phan Lan Hong, Truong Ngoc Minh, and Nguyen Minh Tam. "Genetic Variation and Evolutionary History of the Threatened Dipterocarpus turbinatus CF Gaertn. Detected Using Microsatellites." Diversity 15, no. 8 (2023): 894. (Q1; IF = 3.0)
    01 bài báo trên tạp chí quốc tế
    Nguyen, D. M., H. H. Nguyen, M. N. Nghiem, D. D. Vu, T. M. Nguyen, M. N. Truong, D. H. M. Tran et al. "DNA Barcoding for Dipterocarpus Species in Vietnam Based on Chloroplast Gene Region matK." J Mod Agric Biote-chnol 1, no. 2 (2022): 12. ISSN: 2788-810X
    - Đào tạo (liệt kê):
    Học viên cao học Nguyễn Phan Lan Hồng, chuyên ngành Sinh học thực nghiệm dự kiến bảo vệ tháng 10/2023 tại Học viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
    - Các sản phẩm cụ thể (mô tả sản phẩm, nơi lưu giữ)
    Cơ sở dữ liệu hệ gen của loài Dầu lá bóng (Dipterocarpus turbinatus)
    Danh sách 30 cặp mồi EST-SSRs dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền được xác định tư hệ gen phiên mã loài Dầu lá bóng (Dipterocarpus turbinatus).

Ảnh nổi bật đề tài
1711510947283-nmduc24.jpg