Thông tin Đề tài

Tên đề tài Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (Exome) của bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân ở Việt Nam
Mã số đề tài GUST.STS.DT2017-SH02
Cơ quan chủ trì (Cơ quan thực hiện) Viện Nghiên cứu hệ gen
Thuộc Danh mục đề tài Đề tài khác (Từ cấp Viện Hàn lâm KHCNVN trở lên)
Họ và tên TS. Nguyễn Ngọc Lan
Thời gian thực hiện 01/06/2017 - 31/10/2020
Tổng kinh phí 300 triệu đồng
Xếp loại Xuất sắc
Mục tiêu đề tài

- Giải trình tự và phân tích toàn bộ vùng mã hóa (exome) ở bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân.
- Xác định các biến dị di truyền liên quan đến bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân ở người Việt Nam.
Kết quả chính của đề tài

- Về khoa học: Đề tài đã giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa cho 8 bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân. Qua quá trình sàng lọc, chúng tôi đã phát hiện đột biến gây bệnh trên 4 bệnh nhân và đi đến chẩn đoán chính xác bệnh cho 4 bệnh nhân này, cụ thể như sau:
+ Bệnh nhân UD01 mang đột biến c.1065A>G (p.*355Wext*14) ở trạng thái dị hợp tử trên gen OTC và được chẩn đoán là mắc bệnh thiếu hụt ornithine transcarbamy (OTC).
+ Bệnh nhân UD02 mang đột biến dịch khung mới c.3308_3312dupATGTC trên gen PHKA2 và được chẩn đoán là mắc bệnh dự trữ glucogen type IXa.
+ Bệnh nhân UD03 và UD04 mang hai đột biến sai nghĩa đồng hợp tử, bao gồm c.778C>T (p.H260Y) ở exon 5 và c.2987G>A (p.C996Y) ở exon 21, trên gen LAMA2 và được chẩn đoán là mắc bệnh loạn dưỡng cơ liên quan đến LAMA2. Trong đó đột biến c.2987G>A là đột biến mới.
Như vậy hiệu suất chẩn đoán của WES đối với các bệnh nhân chưa rõ nguyên nhân trong nghiên cứu này là 50%.
- Về ứng dụng: Kết quả thu được này giúp cho các bác sĩ có phương án quản lý và chăm sóc bệnh nhân tốt hơn. Các bác sĩ có thể tư vấn di truyền cho gia đình bệnh nhân, đặc biệt trong trường hợp bố mẹ muốn có thêm con. Kết quả của nghiên cứu cũng mở rộng phổ kiểu hình và kiểu gen của các bệnh. Ngoài ra kết quả cũng giúp nâng cao năng lực và kinh nghiệm chẩn đoán các bệnh hiếm gặp của bác sĩ.
Những đóng góp mới

Đề tài đã phát hiện được hai đột biến mới liên quan đến bệnh, bao gồm một đột biến dịch khung mới c.3308_3312dupATGTC trên gen PHKA2 và một đột biến sai nghĩa mới c.2987G>A (p.C9996Y) trên gen LAMA2, ở các bệnh nhân người Việt Nam và đưa ra chẩn đoán bệnh chính xác cho họ.
Sản phẩm đề tài

Sản phẩm khoa học công nghệ:
- 08 hồ sơ bệnh nhân và thành viên trong gia đình.
- 08 bộ số liệu các vùng mã hóa ở bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân.
- 01 bộ số liệu các biến thể liên quan đến bệnh nhân chưa chẩn đoán được nguyên nhân.
Công bố:
- 02 bài báo quốc tế ISI
- 01 bài báo trên tạp chí quốc gia có uy tín
Kết quả đào tạo: tham gia hỗ trợ đào tạo 01 Nghiên cứu sinh