Xác định được sự biến đổi di truyền, nguồn gốc tiến hóa của các chủng virus gây bệnh tiêu chảy cấp ở lợn do Procine Epidemic Diarrhea virus (PEDV) gây ra tại miền Bắc Việt Nam.

Kết quả nghiên cứu đã xác định được nguồn gốc tiến hóa của các chủng PEDV gây bệnh tiêu chảy cấp cho lợn đang lưu hành ở Việt Nam. Xác định được các biến đổi di truyền của các chủng PEDV lưu hành trong nước so với các chủng virus ở các nước trên thế giới cũng như so với chủng vaccine.
-    Đã thu thập được 52 mẫu bệnh phẩm, trong đó 28 mẫu dương tính với PEDV tại các tỉnh phía Bắc bao gồm: Hải Dương, Hà Nội, Hưng Yên, Nam Định, Thanh Hóa, Tuyên Quang và Vĩnh Phúc
-    Đã giải trình tự và đăng ký trên Genebank 28 đoạn gen S1 của các chủng PEDV lưu hành tại Hải Dương, Hà Nội, Hưng Yên, Nam Định, Thanh Hóa, Tuyên Quang, Vĩnh Phúc, với các mã số OM681587, OM681588, OM681589, OM681590, OM681591, MZ787937, MT198679, OM681592, OM681593, OM681594, OM681595, OM681596, OM681597, OM681598, MW345262, OM681599, OM681600, MW345261, OM681601, OM681602, OM681603, MZ787936, MW345260, OM681604, OM681605, MW345259, OM681606, OM681607.
-    Đã giải trình tự 3 hệ gen hoàn chỉnh của các chủng PEDV lưu hành trong nước gồm IBT/VN/2018, TQ/VN/2018 và HN/VN/2018 và đăng ký trên ngân hàng gen với mã số tương ứng là MT198679, MZ787936 và MZ787937. Các chủng trên đều thuộc chung nhánh G2b cùng với các chủng đột biến S-INDEL khác thuộc Bắc Mỹ và Châu Á. Đây là những chủng có độc lực cao.
-    Đã phân tích đột biến tại các protein S, N và ORF3, trong đó protein S có sự biến đổi mạnh mẽ với 7 thay thế aa và 2 đột biến thay thế đặc trưng ở gen N. Cấu trúc 3D protein S của chủng IBT/VN/2018 giống nhất với cấu trúc của chủng AJ1102, DR13 và có chút khác biệt với cấu trúc chủng CV777, SM98 và cấu trúc tham chiếu 6U7K. Các đột biết tìm thấy trong protein S của chủng IBT/VN/2018 bao gồm cả vùng S0 không ảnh hưởng đến cấu trúc tổng thể.
-    Có 6 vị trí đường hóa (25G+, 123N+, 62V+, 144D+, 1009M+ và 1279L+) được phát hiện trong ORF3, N và S khi so sánh với các chủng vaccine. Trong số đó, 3 vị trí đường hóa mới có mặt trong chủng IBT/VN/2018 bao gồm 144D+, 1009M+ và 1279L+. Kết quả này gợi ý rằng, sự thay đổi các aa trong các protein N, ORF3 và S giúp các chủng PEDV của Việt Nam trốn thoát hệ thống miễn dịch tạo ra bởi vaccine đang được sử dụng và làm thay đổi độc tính của virus.

Sản phẩm cụ thể giao nộp:

- Các bài báo đã công bố (liệt kê): 01
Tran TX, Lien NTK, Thu HT, Duy ND, Duong BTT, Quyen DV (2021). Changes in the spike and nucleocapsid protein of porcine epidemic diarrhea virus strain in Vietnam—a molecular potential for the vaccine development? PeerJ 9:e12329
http://doi.org/10.7717/peerj.12329 (tạp chí Q1).
- Các bằng sáng chế, giải pháp hữu ích (liệt kê):
- Các sản phẩm cụ thể (mô tả sản phẩm, nơi lưu giữ):
+ Trình tự gen S1 của PEDV: 28 trình tự gen S1 của các chủng lưu hành tại Hải Dương, Hà Nội, Hưng Yên, Nam Định, Thanh Hóa, Tuyên Quang, Vĩnh Phúc, được đăng ký trên ngân hàng với các mã số OM681587, OM681588, OM681589, OM681590, OM681591, MZ787937, MT198679, OM681592, OM681593, OM681594, OM681595, OM681596, OM681597, OM681598, MW345262, OM681599, OM681600, MW345261, OM681601, OM681602, OM681603, MZ787936, MW345260, OM681604, OM681605, MW345259, OM681606, OM681607.
+ Trình tự hệ gen PEDV: 03 hệ gen hoàn chỉnh của các chủng PEDV phân lập  kí hiệu IBT/VN/2018, TQ/VN/2018 và  HN/VN/2018 được đăng ký trên ngân hàng gen với mã số tương ứng là MT198679, MZ787936 và MZ787937.
+ Báo cáo về đặc điểm di truyền, nguồn gốc tiến hoá của chủng PEDV gây bệnh cho lợn tại miền Bắc Việt Nam.
- Các sản phẩm khác (nếu có):
+ 01 bản thảo khác gửi đăng tạp chí quốc tế.

Kết quả của đề tài là cơ sở khoa học trong việc lựa chọn chủng virus làm chủng sản xuất vaccine, cung cấp nguyên liệu di truyền cho việc sản xuất vaccine thế hệ mới có độ tương đồng miễn dịch cao với các chủng virus đang gây bệnh trong nước nhằm nâng cao hiệu quả bảo hộ của vaccine; đồng thời đề tài cũng cung cấp nguyên liệu di truyển và cơ sở khoa học cho việc tạo kit chẩn đoán PEDV gây bệnh trên lợn ở Việt Nam.

Cần tiếp tục đánh giá sự biến đổi di truyền và nguồn gốc tiến hóa của các chủng PEDV thực địa lưu hành trong nước. So sánh sự tương đồng về miễn dịch giữa các chủng thực địa và các chủng vaccine đang được sử dụng trong nước để từ đó lựa chọn chủng sản sản xuất vaccine phù hợp nhất với các chủng virus đang lưu hành nhằm tối ưu hiệu quả bảo hộ của vaccine.